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L'origine dell'elefante del Borneo ha diviso gli esperti per lungo tempo: docili e calmi di temperamento, possiedono una taglia inferiore rispetto agli altri elefanti asiatici.
Una teoria sostiene che si tratti dei discendenti degli elefanti domestici offerti al Sultano di Sulu dalla Compagnia delle Indie Orientali nel 17esimo secolo.
La seconda sostiene che sia una specie indigena del Borneo, giunta da Sumatra attraverso un ponte di terra presente 10.000 anni fa.
Grazie al permesso degli Enti locali il WWF ha iniziato un programma che prevedeva lo studio del DNA delle cellule intestinali di alcuni esemplari.
Le analisi del DNA hanno dimostrato che gli elefanti del Borneo sono isolati dai loro cugini del continente asiatico da almeno 300.000 anni.Sono diventati più piccoli, con grandi orecchie, una coda più lunga, e zanne meno curvate.
La storia evolutiva degli elefanti del Borneo giustifica il loro riconoscimento come unità evolutiva separata: Elephas maximus borneensis.
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